Սուրբ Գևորգ եկեղեցու հիմնադրման մասին ստույգ տվյալներ առայժմ հայտնի չեն։ Շրջանառվում է ինչպես 1356 և 1751 թվականները։
Հիմնադրումից մինչև Վրաստանում խորհրդային կարգերի հաստատումը եղել է Տփղիսի(ներկայիս Թբիլիսիի) հայկական մշակութային և կրոնական ազդեցիկ կենտրոններից։ Վրաստանի թագավորի որդու հիվանդության պատճառով վրաց արքան խնդրանքով դիմում է Ամենայն Հայոց կաթողիկոսին, որպեսզի վերջինս թույլատրի Հայաստանի Մուղնի գյուղի Սուրբ Գևորգ եկեղեցում պահվող Սուրբ Գևորգիմասունքները տեղափոխել Տփղիս։ Սակայն թագավորի որդին մահանում է, երբ մասունքները դեռևս ճանապարհին էին։ Սրբի մասունքները, հասցնելով Վրաստանի մայրաքաղաք, որոշում է կայացվում այն թողնել քաղաքի նորակառույց հայկական առաքելական եկեղեցում։ Այս հանգամանքնել հիմք է հանդիսացել, որ եկեղեցին կոչվի Մուղնու Սուրբ Գևորգ:
1763 և 1784 թվականներևին եկեղեցին հիշատակվում է որպես Հաղպատի թեմի մեջ մտնող Թիֆլիսի հայկական եկեղեցիներից մեկը[5]։ 1789 թվականին եկեղեցու վրա կառուցվում է զանգակատուն։ 1795 թվականին այն ենթարկվում է պարսիկների հարձակման՝ թալանվելով։ Սակայն Տեր Գրիգոր ավագ քահանա Տեր-Շմավոնյանի ջանքերով հնարավոր է դառնում պահպանել եկեղեցապատկան իրերի մի մասը[1][3][4]։
1852 թվականին եկեղեցին հայտնվել էր ոչ բարվոք վիճակում։ Ըստ շինարարական հաշվարկների՝ անհրաժեշտ էր 4500 ռուբլի (արծաթ դրամ)։ Հայտնի է, որ շինարարական աշխատանքների վերահսկողներից է եղել երեցփոխ Գևորգ Մանդինյանցը։ Այս վերանորոգման մասին քիչ տեղեկություններ են հայտնի։ Ըստ որի՝ 1860 թվականին նախատեսվում էր քանդել եկեղեցու հյուսիսային կողմում գտնվող իշխանուհի Մարիա Բեգթաբեգյանցի, դերձակ Ցաբոյի, Գեորգի Ամիրաղյանցի, Փողինյանցի և Քալինովի տները, իսկ տարածքը օգտագործել եկեղեցու ընդարձակման համար։ Պարսպի շինարարության համար անհրաժեշտ էր 1000 ռուբլի։ Շինարարական աշխատանքները վերահսկում էին իշխան Ղահրամյան Արղությանցը, Եագոր Թամամշյանցը և Նիկոլայ Միրիմանյանցը[1][3][4]։
1893 թվականին հերթական վերանորոգման նպատակով եկեղեցու ծխականները ժողով են հրավիրում։ Սակայն վերանորոգման ընթացքի մասին տեղեկություններ չեն պահպանվել[1][3][4]։
Մուղնու Սուրբ Գևորգ եկեղեցու շուրջ տարածված է եղել գերեզմանոց, որտեղ ամփոփվել են հայտնի հայազգի մշակութային, կրոնական, հասարակական-քաղաքական գործիչներ։ Եկեղեցու հյուսիսային կողմում ամփոփված հանգուցյալների թվում են բարեգործ Բարսեղ Հովսեփյան-Խոջայանցը, Եգոր Հովհաննիսյան-Փուրղինյանցը, մանկավարժ և խմբագիր Նիկողայոս Խոտովյանը, եկեղեցու սպասավորներ և այլն[1][3][4]։
ԽՍՀՄ տարիներին Վրացական ԽՍՀ-ի իշխանությունների կողմից դարասկզբին փակված ու բռնագրավված եկեղեցին մինչև 1980-ական թվականները ծառայում էր որպես թանգարանային պահեստ։ Տարիների ընթացքում շինությունը, չնայած որպես պահեստ օգտագործվելուն, մատնվել էր անտերության, ինչի հետևանքով բավականին քայքայվել էր։ 1980-ական թվականներին եկեղեցու պատերին հայտնվեցին կառույցի համար խիստ վտանգավոր ճաքեր
