Որոշ ուսումնասիրողների կարծիքով Շուշի անունը ծագում է նրանից արևելք գտնվող Շոշ գյուղից։ Ոմանց կարծիքով Շուշի անվանումը առաջացել է «շոշ» բառից։ Արցախյան բարբառում երիտասարդ ծառերը կոչվում են նաև շոշ, իսկ դրանց պուրակը՝ շոշոտ։
Շուշի տեղանվանումը, ըստ երևույթին, տեղանքը բնութագրող անվանում է։ Քանի որ քաղաքը գտնվում է ժայռի (լեռան) գագաթին (այն մի փոքրիկ սարավանդ է հիշեցնում), որն էլ կարող է ընկած լինել քաղաքանվան հիմքում։ Նկատենք, որ Արցախի բարբառից հյուսիսկովկասյան լեզուներին անցած որոշ չափով այդ անունը հիշեցնող բառեր կան։ Այսպես օրինակ, ագուլերեն «սու»-լեռ և չեչեներեն «շու»-բլուր, մի արմատ, որը կրկնելու դեպքում (ինչպես այն հանդիպում է հատկապես հին հայերենում և խեթերենում), ապա կունենանք «շուշու», այսինքն ճիշտ այն, ինչն անհրաժեշտ է «Շուշի» քաղաքանվան ստուգաբանության համար։ Նկատենք, որ միջնադարում Շուշի տեղանունը հիշատակվում է հենց Շուշու ձևով. 1428 թ. ընդօրինակված Ավետարանի նույն տարում գրված հիշատակարանում «…ի յաշխարհիս Աղուանից, ի վիճակս Ամարասայ, ի գեղա Շուշու կոչեցեալ…»:
Շուշին տարբեր ժամանակներում հիշատակվել է «Քարի գլուխ, (Քարագլուխ տարբերակը վերաբերում է Շիկաքար-Արավուս բնակավայրին (Ասկերանի շրջանում)) Քարագլխի բերդ, Քար, Քարագլխի սղնախ, հաճախ նաև Շոշի բերդ, Շոշի», Ղալա, Շոշի ղալա անուններով։
Շուշիի հին բնակավայր լինելու մասին վկայում է 1428 թվականին Տեր-Մանվելի ստեղծած Ավետարանը, որտեղ նշված է, որ «արդ գրեցավ աստուածագիծ սուրբ Աւետարանս ձեռամբ ոգնամեղ և ապիկար գրչի տէր Մանաւելի, ի թւականութեանս Հայոց ՊՀԷ (1428), ի յաշխարհիս Աղուանից, ի վիճակս Ամարասայ, ի գեղս Շուշու կոչեցեալ, ընդ հովանեաւ Սուրբ Աստուածածնիս, ի կաթողիկոսութեան տէր Յոհանիսի… »:
Հաջորդ վկայությունը նույն եկեղեցու գրչատանը կատարվել է 1575 թ., որտեղ ասվում է «կատարեցի …զմաքրափայլ Աւետարանս ի փառս նմանե գաւառս Վարնթոյ, ի գեղս ւոր կոչի Շուշոյ…Ընդ Հովանեաւ սուրբ Աստուածածին։ Գրեցաւ ի թվականութեանս ՌԻԴ»։
Որոշ ուսումնասիրողներ փորձում են նույնացնել «Շուշի» և «Կարկառ» տեղանունները՝ հիմք ընդունելով նրա նախնական «Քար» անվանումը։ Իհարկե, գшյթшկղիչ է Կ. Գանձակեցու կողմից հիշատակվող Կարկառի նույնացնելը Շուշիի հետ, առավել ևս, որ Կարկառ գետի հովտում նրանք ուրիշ նշանավոր բերդ չեն էլ կարողանում տեսնել։ Սակայն պատմիչի մոտ հիշատակվող Կարկառը հիշվում է որպես «հայրենիք», որը անհնարին է սահմանափակել միայն Շուշի բնակավայրով կամ թեկուզ և սարավանդով։ Զուր չէ, որ Բ. ՈՒլուբաբյանն առաջարկում էր Կարկառը որոնել Կարկառ գետի ստորին սահանքներում։ Դաշտային դիտարկումների համաձայն հանգել ենք այն կարծիքին, որ Կարկառը պետք է լինի Աղդամի շրջանի Ուչ օղլան բնակավայրերի շրջանում…
17-րդ դարի մի վավերագրի համաձայն՝ «…շահ Աբբազ տիրեց իմ Ղարաբաղին…Գանձակցի պարոն տեր Հովհանը շատ գերիներ ազատեց, շատ գրքեր, շարակնոցներ ետ դարձրեց։ Նման մի շարակնոց ես տվեցի շուշեցի տեր Ավանեսին 1607 թվականին »։ Փաստորեն բնակավայրը հիշատակվում է որպես Շուշի…
Ըստ Հակոբ սարկավագ Պողոսյանի վարկածի՝ Շուշին Շոշ գյուղի արոտավայր կամ ագարակ է եղել։ Սարկավագի համար աղբյուր է հանդիսացել Միրզա Ջեմալ Ջիվանշիրի աշխատությունը, որի պատվիրատուն և հովանավորը եղել է Մեհթի Ղուլի խանը՝ Ղարաբաղի եկվոր խաների տիրապետությունը հիմնավորելու նպատակով։ Միջնադարյան մի վավերագրի համաձայն՝ «Ավան Յուզբաշին,որ եկավ Շօշվայ քարն մտավ սահբ խուրուշ իլավ ՌՃԿԶ (1717 թ.): Վավերագիրը հստակ տեղեկացնում է, որ 1717 թ. Շուշիի Քար ամրոցում ամրանալու շնորհիվ Ավան հարյուրապետը հռչակի տեր դարձավ։ Կարծիք կա, որ «Շուշիի բերդապարսպի և մյուս կառույցների հիմքերը դրվել են Ավան հարյուրապետի կողմից՝ 1724 թ., եթե ոչ ավելի վաղ։